La fundación Urki está gobernada por la Junta de Patronos, cuyos miembros no reciben remuneración alguna por el desempeño de sus cargos. Su estructura funcional es la siguiente:

• Becas de estudio y ayudas a la formación
  
• Investigación e innovación pedagógica
  
• Promoción de iniciativas culturales, educativas y deportivas
  
• Proyectos educativos en el tercer mundo
  
• Patronato
  
• Gestión económico-financiera